Genetic stability

JCAlonso

 

Juan Carlos Alonso

Group Leader

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Research summary

Nuestros objetivos son caracterizar la implicación de las funciones de reparación del ADN y la segregación cromosomal en la estabilidad del material genético en firmicutes. Para ello se utilizan dos modelos experimentales: Bacillus subtilis se usa para estudiar el papel de las proteínas de recombinación en la mecánica de la reparación de ADN y el plásmido pSM19035 para estudiar a la estabilidad segregacional.

 

Publications

Cornilleau C, Atmane N, Jacquet E, Smits C, Alonso JC, Tavares P, Oliveira L. The Nuclease Domain of the SPP1 Packaging Motor Coordinates DNA Cleavage and Encapsidation. Nucl Acids Res 2013; 41:340-354

Yadav T, Carrasco B, Hejna J, Suzuki Y, Takeyasu K, Alonso JC. Bacillus subtilis DprA recruits RecA onto single-stranded DNA and mediates annealing of complementary strands coated by SsbB and SsbA. J Biol Chem 2013; 288:22437-22450

Vlasic I, Mertens R, Seco EM, Carrasco B, Ayora S, Reitz G, Commichau FM, Alonso JC, Moeller R. Bacillus subtilis RecA and its accessory factors, RecF, RecO, RecR and RecX, are required for spore resistance to DNA double-strand break. Nucleic Acids Res 2014; 42:2295-2230

Quiles-Puchalt N, Carpena N, Alonso JC, Novick RP, Marina A, Penadés JR. Staphylococcal pathogenicity island DNA packaging system involving cos-site packaging and phage-encoded HNH endonucleases. Proc Natl Acad Sci USA 2014; 111:6016-6021

Yadav T, Carrasco B, Serrano E, Alonso JC. Roles of Bacillus subtilis DprA and SsbA in RecA-mediated genetic recombination. J Biol Chem 2014; 289:27640-27652

 

Fig1AlonsoOur research focuses on the study of the molecular mechanisms that bacteria of the phylum Firmicutes use to secure the stability and horizontal transfer of genetic information, and to promote accurate segregation. Bacillus subtilis cells are chosen to study repair-by-recombination and plasmid segregation stability during vegetative growth as well as genetic recombination during natural competence. Using this model, we showed that the DNA damage response recruits different complex molecular machineries depending of the type of DNA damage, double-strand breaks (DSB) or single-strand gaps (SSG).

i) RecN, which is among the first responders to DSB, in concert with PNPase, promotes dynamic recruitment of DNA ends onto a repair centre. The AddAB complex or RecJ, in concert with the RecQ or RecS helicase and SsbA, creates a 3’-single-stranded (ss)DNA tailed duplex at the DNA breaks, and RecN recruits RecA mediators (SsbA, RecOR) and modulators (RecF, RecX, RecU, RecD) to initiate recombinational DNA repair (Fig. 1)

ii) distinct accessory proteins (DprA and SsbA and RecO(R) and SsbA) regulate recruitment and activation of RecA in the ATP-bound form to repair DSB and SSG (Fig. 1)

iii) CdaA and c-di-AMP are also involved in DSB repair, although their role is poorly understood

iv) in concert with RadA/Sms and c-di-AMP, DisA recognises recombination intermediates and modulates the repair of reversed forks by a poorly understood mechanism. Studying segregation in this bacterium, we showed that a) low copy number plasmids require homodimeric ParA-like (d2) and ParB-like (w2) parS regions for stable inheritance at cell division, b) the d2-ATP protein associates dynamically to the nucleoid, c) d2 bound to the nucleoid captures and tethers plasmid copies towards the nucleoid, d) at stoichiometric d2 and w2 concentrations, the latter facilitates ATP hydrolysis, creating a gradient of nucleoid-bound self-organizing d2 clouds, e) ATP hydrolysis leads to d2 disassembly from DNA, and the dynamic assembly/disassembly moves the plasmid molecule towards the cells poles to guarantee faithful segregation;, and f) if segregation fails, the toxin-antitoxin system halts proliferation of plasmid-free cells, with subsequent overgrowth of plasmid-bearing cells.

 

Fig2Alonso

 

 grupoAlonsoRed

 

Name
Position
Contact
Juan C. Alonso Principal investigator
Begoña Carrasco Postdoctoral scientist
Ester Serrano Predoctoral scientists
Mariangela Tabone Predoctoral scientists
Andrea Volante Predoctoral scientists
Chiara Marchisone Technician

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