Plant J. 2019 Nov 21.

Ortigosa A, Fonseca S, Franco-Zorrilla JM, Fernandez-Calvo P, Zander M, Lewsey MG, García-Casado G, Fernández-Barbero 1, Ecker JR, Solano R.

Abstract

Jasmonates are key regulators of the balance between defense and growth in plants. However, the molecular mechanisms by which activation of defense reduces growth are not yet fully understood. Here, we analyze the role of MYC transcription factors (TFs) and jasmonic acid (JA) in photomorphogenic growth. We found that multiple myc mutants share light-associated phenotypes with mutants of the phytochrome B photoreceptor, such as delayed seed germination in the dark and long hypocotyl growth. Over-expression of MYC2 in a phyB background partially suppressed its long hypocotyl phenotype. Transcriptomic analysis of multiple myc mutants confirmed that MYCs are required for full expression of red (R) light regulated genes, including the master regulator HY5. ChIP-Seq analyses revealed that MYC2 and MYC3 bind directly to the promoter of HY5 and that HY5 gene expression and protein levels are compromised in multiple myc mutants. Altogether, our results pinpoint MYCs as photomorphogenic TFs that control phytochrome responses by activating HY5 expression. This has important implications in understanding the trade-off between growth and defense since the same TFs that activate defense responses are photomorphogenic growth regulators.

doi: 10.1111/tpj.14618

Nucleic Acids Res. 2019 Nov 19. pii: gkz1024.

Martínez-García E, Goñi-Moreno A, Bartley B, McLaughlin J, Sánchez-Sampedro L, Pascual Del Pozo H, Prieto Hernández C, Marletta AS, De Lucrezia D, Sánchez-Fernández G, Fraile S, de Lorenzo V.

Abstract

The Standard European Vector Architecture 3.0 database (SEVA-DB 3.0, http://seva.cnb.csic.es) is the update of the platform launched in 2013 both as a web-based resource and as a material repository of formatted genetic tools (mostly plasmids) for analysis, construction and deployment of complex bacterial phenotypes. The period between the first version of SEVA-DB and the present time has witnessed several technical, computational and conceptual advances in genetic/genomic engineering of prokaryotes that have enabled upgrading of the utilities of the updated database. Novelties include not only a more user-friendly web interface and many more plasmid vectors, but also new links of the plasmids to advanced bioinformatic tools. These provide an intuitive visualization of the constructs at stake and a range of virtual manipulations of DNA segments that were not possible before. Finally, the list of canonical SEVA plasmids is available in machine-readable SBOL (Synthetic Biology Open Language) format. This ensures interoperability with other platforms and affords simulations of their behaviour under different in vivo conditions. We argue that the SEVA-DB will remain a useful resource for extending Synthetic Biology approaches towards non-standard bacterial species as well as genetically programming new prokaryotic chassis for a suite of fundamental and biotechnological endeavours.

doi: 10.1093/nar/gkz1024

Nat Commun. 2019 Nov 22;10(1):5314.

Buldú JM, Pablo-Martí F, Aguirre J.

Abstract

A wide variety of social, biological or technological systems can be described as processes taking place on networked structures in continuous interaction with other networks. We propose here a new methodology to describe, anticipate and manage, in real time, the out-of-equilibrium dynamics of processes that evolve on interconnected networks. This goal is achieved through the full analytical treatment of the phenomenology and its reduction to a two-dimensional flux diagram, allowing us to predict at every time step the dynamical consequences of modifying the links between the different ensembles. Our results are consistent with real data and the methodology can be translated to clustered networks and/or interconnected networks of any size, topology or origin, from the struggle for knowledge on innovation structures to international economic relations or disease spreading on social groups.

doi: 10.1038/s41467-019-13291-2.

• Investigadores españoles obtienen una ecuación matemática que permite predecir el comportamiento de redes complejas a tiempo real

• Sus aplicaciones ayudan a comprender procesos globales tan dispares como la propagación de epidemias o las interacciones económicas entre empresas o países.

Las matemáticas nos permiten obtener ecuaciones que den solución a muchas de las situaciones complejas a las que nos enfrentamos en el día a día. Un ejemplo es entender la interacción entre sistemas en forma de red en un mundo cada vez más conectado. Sin embargo, un problema habitual en la aplicación de estas ecuaciones es la necesidad de esperar a que se produzca un equilibrio entre las partes en análisis para que la misma funcione. Y he ahí el reto… La vida, por definición, está fuera del equilibrio y tiende al desorden.

¿Cómo podemos controlar las interacciones de un sistema si este no se mantiene estático? No es una cuestión sencilla, pero investigadores del Centro Nacional de Biotecnología, las Universidades de Alcalá y Rey Juan Carlos y el Centro de Tecnología Biomédica (UPM) han desarrollado una nueva metodología para analizar las interacciones entre redes complejas y predecir su comportamiento dinámico en cualquier momento del proceso.

Roberto Solano, investigador y actual director del Departamento de Genética Molecular de Plantasen el Centro Nacional de Biotecnología aparece en la lista de los investigadores más citados en el área de ciencias animales y vegetales publicada por Clarivate Analytics.

Solano se encuentra, por sexto año consecutivo, entre los 120 científicos españoles reconocidos este año. De ellos, 24 investigadores pertenecen al Consejo Superior de Investigaciones Científicas.

Esta clasificación reconoce aproximadamente a 4000 investigadores que han contribuido de manera excepcional al conocimiento científico en su área de trabajo gracias a la publicación de numerosos artículos con un alto índice de impacto entre los años 2006 y 2016 y que, además, se encuentran dentro del 1% de los más citados a nivel global. Este año, como novedad, se han sumado al listado 2000 científicos que desarrollan sus líneas de investigación en dos o más áreas de conocimiento.

El laboratorio del Dr. Solano estudia los mecanismos moleculares que permiten a las plantas adaptarse al medio ambiente, centrándose en el funcionamiento del jasmonato, una hormona imprescindible para responder al estrés. Sus trabajos han llevado al descubrimiento de la forma activa de esta hormona y al de una familia de proteínas imprescindibles para que el jasmonato ejerza su acción, tanto en Arabidopsis thaliana como en Marchantia polymorpha. Estos trabajos se han visto reflejados en el año 2019 en publicaciones en ‘Current Biology’, ‘Plant Cell’ y ‘Molecular Plant’.

Lluís Montoliu, investigador del departamento de Biología Molecular y Celular del CNB ha recibido uno de los Premios a la Divulgación Científica de la Fundación Antama, que reconocen a periodistas, científicos e iniciativas que han contribuido a la comunicación de la ciencia de manera rigurosa.

Durante la entrega de los premios celebrada el 5 de noviembre en Madrid,  Lluís Montoliu destacó que “nos ha tocado vivir una época apasionante, de continuos avances científicos y tecnológicos. Muchos de estos avances impactan de forma directa en biotecnología y están llamados a mejorar nuestra calidad de vida, el modo como podemos prevenir y curar las enfermedades, el aprovechamiento óptimo pero sostenible del medio ambiente o las mejoras en producción animal y vegetal necesarias para satisfacer las necesidades de alimentación de personas y animales.”

La Fundación Antama también reconoció la labor de Naukas, Maldita ciencia, Big Van Ciencia, Hipertextual, José Miguel Mulet, Álvaro Bayón, José Manuel López Nicolás, Rocío Vidal, Aitor Gálvez, Daniel García, Rosa Porcel, Sandra Ortonoves y Jorge Alcalde.

Francis Mojica, descubridor de las herramientas CRISPR, recogió un Premio Honorífico en "reconocimiento a su decisiva aportación al avance de la edición genética".

Front Plant Sci. 2019 Sep 17;10:1095. eCollection 2019.

Fonseca S, Rubio V.

Abstract

CULLIN4 (CUL4) RING ligase (CRL4) complexes contain a CUL4 scaffold protein, associated to RBX1 and to DDB1 proteins and have traditionally been associated to protein degradation events. Through DDB1, these complexes can associate with numerous DCAF proteins, which directly interact with specific targets promoting their ubiquitination and subsequent degradation by the proteasome. A characteristic feature of the majority of DCAF proteins that associate with DDB1 is the presence of the DWD motif. DWD-containing proteins sum up to 85 in the plant model species Arabidopsis. In the last decade, numerous Arabidopsis DWD proteins have been studied and their molecular functions uncovered. Independently of whether their association with CRL4 has been confirmed or not, DWD proteins are often found as components of additional multimeric protein complexes that play key roles in essential nuclear events. For most of them, the significance of their complex partnership is still unexplored. Here, we summarize recent findings involving both confirmed and putative CRL4-associated DCAF proteins in regulating nuclei architecture remodelling, DNA damage repair, histone post-translational modification, mRNA processing and export, and ribosome biogenesis, that definitely have an impact in gene expression and de novo protein synthesis. We hypothesized that, by maintaining accurate levels of regulatory proteins through targeted degradation and transcriptional control, CRL4 complexes help to surveil nuclear processes essential for plant development and survival.

doi: 10.3389/fpls.2019.01095

Como cada año, celebramos la Semana de la Ciencia y la Tecnología en el CNB. En esta ocasión ofertamos visitas guiadas y un Escape Room sobre las Resistencias que generan las Bacterias frente a los antibioticos. Las plazas son limitadas y el plazo para formalizar las reservas comienza el día 21 de octubre (hasta completar aforo).

Listado de actividades y fechas

•  5 de noviembre de 10:00 a 15:00. Visita Guiada a las instalaciones del CNB. Dirigido a público general y universitarios. COMPLETO
  
• 12 de noviembre de 15:00 a 18:00. Visita Guiada a las instalaciones del CNB. Dirigido a público general y universitarios. COMPLETO
  
• 14 de noviembre de 15:00-16:00. Escape Room: Resistencia Bacteriana. Los participantes deberán resolver cuál es el tratamiento adecuado para combatir infecciones bacterianas mediante pistas y acertijos de fondo científico. COMPLETO
• 14 de noviembre de 16:30-17:30. Escape Room: Resistencia Bacteriana. Los participantes deberán resolver cuál es el tratamiento adecuado para combatir infecciones bacterianas mediante pistas y acertijos de fondo científico. COMPLETO

Exposición “Transferir”

• Del 4 al 8 de noviembre en el hall del CNB: exposición “Transferir” cuyo objetivo es dar visibilidad y dinamizar la transferencia de tecnología y conocimiento que se hace desde el CNB. Prorrogada hasta el 19 de noviembre

Semana de la Ciencia y la Innovación 2019

La Semana de la Ciencia y la Innvocación es un evento internacional de divulgación científica que se celebra en España desde el año 2001 con el objetivo de acercar las instituciones científicas y los investigadores e investigadoras a la sociedad y transmitir los últimos avances científicos y tecnológicos, abriendo los laboratorios y ofreciendo cientos de actividades.

Este año tiene lugar entre el 4 y el 17 de noviembre. El CSIC ofrece más de 350 actividades gratuitas en diferentes comunidades autónomas. En la Comunidad de Madrid, hay más de 1000 actividades ofertadas por diferentes instituciones científicas y centros de investigación.

El Centro Nacional de Biotecnología del CSIC (CNB-CSIC) celebrará el próximo 19 de diciembre de 2019 la XXVII edición de las tradicionales jornadas Avances en Biología Molecular por Jóvenes Investigadores en el Extranjero.