Nucleic Acids Res. 2020 Jan 13. pii: gkz1200.

Carrasco C, Pastrana CL, Aicart-Ramos C, Leuba SH, Khan SA, Moreno-Herrero F.

Abstract

The rolling-circle replication is the most common mechanism for the replication of small plasmids carrying antibiotic resistance genes in Gram-positive bacteria. It is initiated by the binding and nicking of double-stranded origin of replication by a replication initiator protein (Rep). Duplex unwinding is then performed by the PcrA helicase, whose processivity is critically promoted by its interaction with Rep. How Rep and PcrA proteins interact to nick and unwind the duplex is not fully understood. Here, we have used magnetic tweezers to monitor PcrA helicase unwinding and its relationship with the nicking activity of Staphylococcus aureus plasmid pT181 initiator RepC. Our results indicate that PcrA is a highly processive helicase prone to stochastic pausing, resulting in average translocation rates of 30 bp s-1, while a typical velocity of 50 bp s-1 is found in the absence of pausing. Single-strand DNA binding protein did not affect PcrA translocation velocity but slightly increased its processivity. Analysis of the degree of DNA supercoiling required for RepC nicking, and the time between RepC nicking and DNA unwinding, suggests that RepC and PcrA form a protein complex on the DNA binding site before nicking. A comprehensive model that rationalizes these findings is presented.

doi: 10.1093/nar/gkz1200.

El CNB participa en el programa 4ºESO y Empresa de la Comunidad de Madrid

Los destinatarios  son todos los alumnos que cursen 4º de Enseñanza Secundaria. Consiste en la estancia voluntaria en empresas durante 3, 4 o 5 días lectivos consecutivos con el finde enriquecer el currículo de los alumnos y aproximarles al mundo laboral del que ellos formarán parte en el futuro. 

OFERTA CURSO ACADÉMICO 2023-2024

SOLICITUDES: ENTRE el 11 Y EL 19 DE ENERO 2024 (INCLUIDOS)

ESTANCIA EN EL CNB: del 2 al 5 de abril

Para participar

Se aceptan un máximo de 3 estudiantes por centro educativo. La persona responsable del programa en el centro educativo deberá rellenar el formulario WEB en el plazo indicado anteriormente. Los seleccionados/as serán contactados por email a partir de 24 de enero de 2024 para continuar con el proceso administrativo de adjudicación de plazas.

Plazas ofertadas: 17

Experimentales: En laboratorios de investigación del CNB

Departamento de Inmunología y Oncología: 8

Título: Células madre e inmunidad, Nº de plazas: 3, Tutoras: Mª Angeles García López, Cristina Pacios

Título: Receptores de quimioquinas como estrategia terapeutica. Nº de plazas: 1; Tutor: Jose Miguel Rodriguez Frade

Título: Dianas moleculares para cáncer e inflamación. Nº de plazas: 2, Tutoras: Rosa María Liébana Gallego, Sara Casado Ramos

Título: Dinámica de linfocitos B. Nº de plazas: 1; Tutora: Yolanda R. Carrasco

Título: Inmunidad frente a virus y cáncer. Nº de plazas: 1; Tutora: Andrea Sánchez de la Cruz

Departamento de Genética Molecular de Plantas: 1

Título: Control genético de la formación de ramas en plantas. Nº de plazas: 1; Tutora: Gema Castillo García

Departamento Biología Molecular y Celular: 4

Título: Poxvirus y Vacunas. Nº de plazas: 2; Tutor: Juan García Arriaza

Título: Modelos animales por manipulación genética Nº de plazas: 1; Tutor: Lluis Montoliu José

Título: Inmunoterapia frente al cáncer. Nº de plazas: 1; Tutor: Esteban Veiga

Departamento de Biología de Sistemas y Biología Sintética: 2

Título: Microbiología molecular ambiental; Nº de plazas: 1; Tutor: Esteban Martínez García

Título: Biotecnología de sistemas. Fechas: 2-5 abril 2024; Tutor: Juan Nogales Enrique

Servicios de apoyo a la investigación:

Título: Servicio de Microscopía Óptica Avanzada. Nº de plazas: 1; Tutora: Ana Mª Oña Blanco

Título: Informática Científica. Nº de plazas: 1; Tutor: José Ramón Valverde Carrillo

OFERTA CURSO ACADÉMICO 2022-2023

Plazas ofertadas: 10

Fechas para la realización de las estancias: 27-30 de marzo (4 días)

Experimentales: En laboratorios de investigación del CNB

Departamento de Inmunología y Oncología: 5

Departamento de Genética Molecular de Plantas: 2

Departamento de Biología de Sistemas y Biología Sintética: 2

Servicios de apoyo a la investigación:

Servicio de Tecnología de la Información y Comunicaciones (Apoyo informático): 1

Se aceptan solicitudes desde el 7 de febrero al 14 de febrero de 2023.

Para participar

Enviar un email a la oficina de divulgación con el asunto 4 y empresa, incluyendo la documentación necesaria y un breve párrafo o diocumento con la motivación para hacer la estancia en el CNB y cual es la plaza elegida (hasta un máximo de 3).

Los seleccionados/as serán contactado por email antes del 21 de febrero de 2023.

 OFERTA CURSO ACADÉMICO 2021-2022

Plazas ofertadas: 

Fechas para la realización de las estancias: 19 de abril-22 de abril (4 días)

Plazas: 14

Experimentales: En laboratorios de investigación del CNB

Departamento de Inmunología y Oncología: 5

Departamento de Genética Molecular de Plantas: 2

Departamento de Biotecnología Microbiana: 2

Departamento de Biología Molecular y Celular: 1

Departamento de Biología de sistemas y Biología Sintética: 1

Servicios de apoyo a la investigación:

Servicio de Computación Científica (por ejemplo desarrollo de programas para la predicción de estructuras de proteínas): 1

Servicio de Instrumentación Científica: (calibrado, validación, mantenimiento y reparación de instrumental científico): 2

Oficina de comunicación y divulgación científica: (mecanismos de difusión de la investigación del centro): 1

Se aceptan solicitudes hasta el 11 de febrero.

Para participar

Enviar un email a la oficina de divulgación con el asunto 4 y empresa, incluyendo la motivación para hacer la estancia en el CNB y cual es la plaza elegida (hasta un máximo de 3).

Los seleccionados/as serán contactado por email antes del 18 de febrero de 2022.

CANCELADO EL PROGRAMA DURANTE EL CURSO 2019-2020

debido a las medidas excepcionales puestas en marcha para contener la propagación del SARS-CoV2 se cancela la realización del progrma en el curso académico 2019-2020.

Curso académico 2019-2020

Plazas ofertadas: 13

Fechas para la realización de las estancias: 30 de marzo al 2 de abril (4 días)

Plazas:

Departamento Inmunología y Oncología: 6

Departamento de Genética Molecular de Plantas: 3

Departamento de Biotecnología Microbiana: 1

Departamento de Estructura de Macromoléculas: 1

Servicio de Computación Científica: 1

Oficina de divulgación: 1

Se aceptan solicitudes hasta el 14 de febrero.

Para participar

Enviar un email a la oficina de divulgación con el asunto 4 y empresa, incluyendo la motivación para hacer la estancia en el CNB y cual es la plaza elegida (hasta un máximo de 3).

Los seleccionados/as serán contactado por email antes del 21 de febrero

Curso académico 2018-2019

6 estudiantes de secundaria participaron en el programa durante este curso académico

El CNB está presente en la nueva edición de 100xCiencia! Este año 100xCiencia.4 pone el acento en la importancia de la I+D+i, y cómo ello genera un retorno tangible para la ciudadanía a la vez que se traduce en la generación de productos y servicios que mejoran el bienestar y la calidad de vida del público. Al mismo tiempo, en el evento las instituciones de SOMMa tendrán ocasión de mostrar sus proyectos a la ciudadanía. Bajo el título “¿Qué hace la ciencia para ti?”, esta edición mostrará casos concretos de éxito en la traslación de investigación en productos, servicios, o ideas de empresa que se materializaron en spin-offs que han terminado teniendo un impacto en la vida del común de la ciudadanía. Las iniciativas expuestas mostrarán este impacto de la I+D+I en la sociedad.

Después de las pasadas ediciones en Canarias, Alicante y Madrid, este año el evento tendrá lugar en Donostia/San Sebastián. En esta ocasión, la organización corre a cargo del Basque Centre on Cognition, Brain and Language (BCBL), junto con SOMMa.

Nat Commun. 2020 Jan 2;11(1):55.

Vilas JL, Tagare HD, Vargas J, Carazo JM, Sorzano COS.

Abstract

The introduction of local resolution has enormously helped the understanding of cryo-EM maps. Still, for any given pixel it is a global, aggregated value, that makes impossible the individual analysis of the contribution of the different projection directions. We introduce MonoDir, a fully automatic, parameter-free method that, starting only from the final cryo-EM map, decomposes local resolution into the different projection directions, providing a detailed level of analysis of the final map. Many applications of directional local resolution are possible, and we concentrate here on map quality and validation.

doi: 10.1038/s41467-019-13742-w.

Muchas macromoléculas biológicas utilizan sistemas de control alostérico para ensamblarse, desensamblarse o cambiar de conformación. Así, cambios en una región de la molécula afectan al comportamiento y la función de la misma en otras regiones. Por ejemplo, la unión de un ligando produce un cambio conformacional que activa o inactiva una enzima.

El desarrollo de moléculas sintéticas que tengan este tipo de propiedades resulta muy complejo y hasta ahora los esfuerzos invertidos en este área solo han conseguido unos pocos resultados exitosos. De hecho, en el caso concreto de la creación de nuevos ensamblajes protéicos de diseño, los resultados hasta ahora se han basado en un sistema tipo puzzle, donde la superficie de cada una de las piezas rígidas que se van a ensamblar es modificada para producir una interacción estable. Ahora, investigadores del Centro Nacional de Biotecnología, en colaboración con el IMDEA Nanociencia, el Centro de Investigaciones Biológicas y las Universidades de Granada y California han desarrollado un modelo que permite controlar de forma alostérica la formación y ensamblaje de proteínas mediante la inclusión de interruptores moleculares formados gracias a cambios en la estructura tridimensional de la proteína.

Contact: Carlos Oscar S. Sorzano

Staff: Ana Cayuela López

The goal of this unit is to facilitate the extraction of the largest amount possible of information from the acquired images. In particular:

• We support researchers in the use of specific image processing software.
• We develop specific software to solve common image analysis problems in microscopy (particle analysis and tracking; diffusion processes; localization, co-localization and spatial statistics; quantification of relative fluorescence; shape, textural and morphology quantification; event detection and counting; distortion corrections; characterization of image quality; etc.)
• We develop software that allows the automation of the steps above for the most common workflows. Real-time processing is targeted.
• We help in the definition of the acquisition parameters so that the posterior image analysis is most profitable.
• We organize courses on image analysis for microscopy.

Contact: Javier Conesa

The correlative microscopy platform will provide expertise to integrate the different microscopy technologies available at the CNB, including Optical Microscopy and Cryoelectron Microscopy to answer complex biological questions in cryopreserved samples. The range of samples covered ranges from animal and plant tissues, bacterial and cell cultures, cell fractions, viruses and protein complexes.

Correlative pipelines will include those relating cryo fluorescence imaging and cryo electron microscopy. This will include the following steps combined according to the project needs: sample vitrification by plunge freezing and high pressure freezing, cryo widefield and confocal visible light microscopy, cryo focused-ion-beam lamella generation, cryo focused-ion-beam slice and view, transmission electron tomography data acquisition and advise for accessing to synchrotron beamtime. 

El proyecto “Severo Ochoa y el código genético: descifrando mensajes encriptados” ha sido uno de los 28 proyectos seleccionados por la Fundación General del CSIC (FGCSIC) en la tercera edición del Programa Cuenta la Ciencia

El proyecto, basado en los experimentos que llevaron al descubrimiento del código genético, busca acercar la ciencia a los jóvenes a través de la “resolución de un misterio” poniendo como ejemplo el trabajo del profesor Severo Ochoa, en el 60 aniversario de la concesión del premio Nobel. La actividad, destinada a estudiantes de 4 de ESO se realizará en Institutos de Enseñanza Secundaria (IES) de varias localidades de ámbito rural, y en barrios menos favorecidos de ciudades grandes para favorecer el acceso de jóvenes de este entorno a la ciencia.
Rosario Fernández, organizadora de la actividad recalca cómo “los experimentos que llevaron al desciframiento del código genético son un claro ejemplo de lo apasionante que puede ser la ciencia. La idea es dar a conocer estos experimentos a los alumnos y a la vez lanzar el mensaje de que la ciencia es divertida, interesante y que está al alcance de todos”.

El material producido con la financiación del Programa Cuenta la Ciencia  quedará a disposición del equipo de Recursos Educativos del CSIC y de los distintos IES en los que se realice la actividad.

30/4/2020. Ya está disponible el vídeo divulgativo: Severo Ochoa y el código genético: descifrando mensajes encriptados"