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Análisis de secuencias y predicción de estructura |
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DESCRIPCIÓN DEL SERVICIO
 El análisis de secuencias y la predicción de estructura de proteínas mediante métodos bioinformáticos son aproximaciones que complementan, y en muchos casos simplifican, el trabajo experimental. Además, se pueden aplicar de manera transversal a muchas áreas de investigación. A partir de la secuencia primaria de un gen es posible obtener información sobre su evolución, organización en dominios funcionales/estructurales, residuos o regiones funcionalmente importantes, hipótesis funcionales, posible localización subcelular, relaciones funcionales con otros genes, modelos estructurales, etc...
La principal función del servicio es el dar soporte bioinformático en temas de análisis de secuencias y predicción de estructura a todos los grupos experimentales del centro. Esto incluye, entre otras cosas:
- Localización de genes homólogos en distintos genomas total o parcialmente secuenciados/anotados, usando métodos de alta sensibilidad.
- Generación de alineamientos múltiples de alta calidad.
- Evolución: en que organismos/reinos está el gen, generación de árboles filogenéticos, etc.
- Predicción de localización subcelular.
- Localización de dominios funcionales/estructurales.
- Predicción de residuos o regiones funcionalmente importantes.
- Predicción de sitios de modificación post-traduccional (fosforilación, glicoxilación, ...).
- Predicción de zonas de interacción.
- Predicción de relaciones funcionales con otros genes por métodos de contexto (no basados en homología) – Predicción de interacciones físicas/funcionales.
- Generación de bocetos de organización estructural: localización de dominios globulares, regiones desestructuradas, coiled-coil, regiones transmembrana, etc.
- Predicción de estructura secundaria.
- Predicción de estructura tridimensional para casos de homología cercana y remota.
- Generación de representaciones estructurales de alta calidad gráfica para publicaciones
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Adicionalmente, el servicio organiza, en colaboración con otros servicios del centro, cursos y seminarios sobre el uso y las posibilidades de las herramientas bioinformáticas para el análisis de secuencias y la predicción de estructura de proteínas.
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