El Centro Nacional de Biotecnología del CSIC (CNB) está actualmente dirigido por un director (José María Valpuesta) y dos vicedirectoras (Carmen Castresana e Isabel Mérida) que son elegidos cada cuatro años.

Científicamente, está organizado en Departamentos, los cuales constituyen las unidades de actividad temática en las que se reúnen los distintos investigadores del CNB:

• Estructura de Macromoléculas (Jefe de Departamento: José L. Carrascosa),
• Biología Molecular y Celular (Jefe de Departamento: Francisco J. Rodríguez),
• Biotecnología Microbiana (Jefe de Departamento: Fernando Rojo),
• Genética Molecular de Plantas (Jefe de Departamento: Salomé Prat), y
  
• Inmunología y Oncología (Jefe de Departamento: Santos Mañes).

A ellos se suma, dirigido por Víctor de Lorenzo, el Programa de Biología de Sistemas creado en noviembre de 2008.

Existe además una Junta de Centro que se reúne mensualmente y es la encargada de informar al personal del CNB de las decisiones tomadas por la dirección del centro. Está compuesta por los jefes de los departamentos científicos, el director y las dos vicedirectoras y cuatro representantes de personal del CNB. La Gerencia actúa además como Secretaría,.

Del Claustro Científico forma parte todo aquel personal con grado de Doctor. Está presidido por el Director del CNB, la Gerente actúa de Secretaria y se reúne al menos una vez al año para votar los asuntos más importantes del funcionamiento del centro como pueda ser la elección de la Dirección.

Contamos además con un Comité Científico Asesor formado por:

Wolfgang Baumeister (Max-Plank-Intitu für Biochemie, Alemania),

Maarten Koornneef (Max-Plank-Intitu für Plant Breeding Research, Alemania),

Juan Luis Ramos (Estación Experimental del Zaidín, España),

Anne Ridley (Ludwig Institute for Cancer Research, Reino Unido),

Anna Tramontano (University of Rome "La Sapienza", Italia), e

Inder Verma (The Salk Institute for Biological Studies, Estados Unidos).