El Servicio de Animalario del CNB ocupa gran parte de la planta sótano del edificio, además de una zona aneja, separada físicamente de la instalación central, denominada ZONA S-100, concebida, por necesidades de espacio, como ampliación de la Zona de Barrera, para albergar el stock de animales generados en la Zona SPF del Animalario y con sus mismas características. La Instalación central está dividida en ZONAS claramente definidas, como son:
ZONA DE CUARENTENA que alberga dos áreas separadas: un área para Cuarentenas procedente de las Casas Comerciales Proveedoras y otra para los animales que proceden de las Importaciones desde otras Entidades o Laboratorios con los que se establecen Colaboraciones por parte de los Investigadores del Centro.
ZONA CONVENCIONAL en la que están integradas:
Zona de Stock de ratones (S-90)
Zona de Servicios: (Lavado y Esterilización de material), y
Almacenes y dentro de estos está ubicado el Irradiador de Cesio
ZONA DE BARRERA dedicada a cría, mantenimiento y generación de animales transgénicos, knock-out y knock-in.
ZONA EXPERIMENTAL (P2), es una instalación independiente al resto del Animalario, realmente es otro animalario dentro de la instalación total, dotada de autoclaves y sala de lavado independientes al resto del animalario, que es donde se procede a realizar protocolos experimentales.